根管治療を行っているんですね。
まず最初に腫れたということは、その神経はすでに死んでいたということになります。
すでに細菌が根っこの管の中で増殖していたという状況です。
したがって神経をとったというわけではないということになります。
（まれに違う場合もあります。この辺りはとても微妙なところなので説明は割愛します。）
神経のあったところ、
根管治療というのは、歯の根っこの中の
根管をきれいにすることです。
根っこの管のその先は骨の中になります。
そのあたりの細菌をきれいにしないと腫れたりするということです。
こう書くと、いかにも単純そうですが、その根っこの管は曲がっていたり扁平だったり、根っこの先のほうの管の部分が裂けていたり、枝分かれしていたり、その根っこの先の細菌がなかなか死ななかったり、ということがあると
炎症が急性化して痛みが出たりすることがあります。
痛みがあるということは根っこの先のほうで
炎症があるということで、そこの部位の細菌と戦っているということです。
根管治療というのは局所ではありますが、細菌が体内に入っていこうとするのを防ぐという治療ですから、その過程で
炎症が起きることは何も悪いことではありません。
（インフルエンザや風邪で体内に細菌、ウイルスが入ったら
炎症が起き熱が出るというのと似ています。）
痛みが出なかったたというのがラッキーなことで、痛みが出るのがある意味当たり前と考えてもいいと思います。
その
炎症の強さは人によって、時と場合によって様々ですから、今回のように痛かったり痛くなかったりということが起きます。
しっかり治して痛くなくなるといいですね。
