口腔内には細菌が何百何千種類といます。
だいたい多い菌はわかっていますが、特定して処置をしているわけではありません。
なので根っこの管の中のほうから骨のほうに細菌感染しているという状態から推測する
抗生剤を投与しているという状態です。
ばっちり効果のある場合もあれば、あまり効果のない場合も考えられます。
ジスロマックの効く細菌ではなかった可能性により痛みが増したのかもしれません。推測です。
内科のように細菌を特定してその上で
抗生剤投与を行えばよいのですが、
口腔内は体内ではなく体外であり、たくさんの種類の細菌が常にいるという非常に特殊な環境なので、どの細菌によって感染が起こっているのかを実際調べるのはあまり行われていません。
（大学病院などでは大丈夫なんですが、普通の歯科医院では
保険では認められず
自費になる可能性もあります。）
大学病院がいいというわけではなく根っこの治療に詳しい先生であればいいと思うんですが、紹介してくれるようなら大学病院を紹介してもらってください。
